私は、婚姻中にマンションを購入しましたが、妻は、5年前にマンションからでて別居し、現在、離婚調停中です。私は、離婚後も、マンションに住み続けようと思っていますが、離婚した場合の評価額は、いつが基準になりますか？5年前と比較すると、今はかなり値上がりしているので心配です。

マンションのような不動産も、財産分与の対象財産となり、基準時は別居時となりますが、ここでいう基準時とは、財産分与対象財産となるか否かという意味の基準時です。
別居後に、マンションを購入しても、夫婦共有の財産から購入したといった特段の事情がない限り、財産分与対象財産とはなりません。

では、マンションの評価額はいつを基準にすべきでしょうか？
これは、単純に、マンションを売却して、分与割合に基づいて分けるということであれば問題となりませんが、当事者の一方が取得する場合には、評価額と分与割合に基づいて、取得する側が、他方に現金で支払いをしないといけないことから問題となります。

この点、評価基準時は現在時、訴訟の場合は口頭弁論終結時とされています。